Kelurahan Semarapura Kaja terdiri dari dua Desa Pekraman yang kuat menurut beberapa babad dinyatakan bahwa penduduk asli Kelurahan Semarapura Kaja adalah penduduk yang berada di sebelah timur yang sekarang menjadi Wilayah Lingkungan Besang Kangin. Berikut ini sejarah Kelurahan Semarapura Kaja.

Jika dilihat dari letak Kelurahan Semarapura Kaja yang berada di daerah perkotaan mempengaruhi kondisi penduduk dalam hal mencari mata pencaharian untuk memenuhi kebutuhan hidupnya sehari-hari, pedagang dan lain-lain.

Kelurahan Semarapura Kaja terdiri dari dua Desa Pekraman yaitu :

1. Desa Pekraman Besang Kangin

Desa Pekraman Besang Kangin merupakan penduduk asli dari Kelurahan Semarapura Kaja dimana penduduknya mayoritas bermata pencaharian dalam bidang industri kecil yaitu perajin Janur. Selain itu, penduduk Desa Pekraman Besang Kangin juga ada yang bermata pencaharian petani, pegawai, guru, tukang, buruh.

    2. Desa Pekraman Besang Kawan Toh Jiwa 

Desa Pekraman Besang Kawan Toh Jiwa merupakan Desa yang warganya atau penduduknya merupakan pendatang dimana sejarah terbentuknya Desa Pekraman Besang Kawan terjadi pada saat berlangsungnya peperangan antara Pemerintahan Kolonial Belanda dengan Kerajaan Karangasem. Karena terjadinya perang tersebut, ada sebagian penduduk yang mengungsi atau lari ke Kerajaan Klungkung untuk meminta swaka politik yaitu berupa perlindungan dari kerajaan Klungkung. Setelah dipertimbangkan oleh Raja Klungkung, maka penduduk tersebut diberikan tempat bermukim di daerah Besang yang sekarang dinamakan Desa Pekraman Besang Kawan Toh Jiwa, yang dahulunya merupakan tempat dari Desa Pekraman Besang Kangin, dan sampai sekarang peninggalan Desa Pekraman Besang Kangin masih terdapat di Desa Pekraman Besang Kawan yang merupakan bekas tempat suci (Pura Puseh).

Desa Pekraman Besang Kawan Toh Jiwa, mempunyai hubungan yang sangat erat dengan desa-desa yang ada di daerah Karangasem, yaitu  : Desa Sukahet, Desa Toh Jiwa, Desa Prasi. Hubungan antara ketiga desa tersebut, merupakan hubungan yang terjadi sejak masa jayanya Kerajaan Karangasem, dimana di antara ketiga desa tersebut salah satunya yaitu Desa Prasi adanya suatu hubungan yang tidak dapat dipisah-pisahkan dimana antara Desa Pekraman Besang Kawan dengan Desa Prasi Karangasem ada suatu larangan/pantangan daripada warganya untuk tidak melakukan hubungan perkawinan antara kedua desa tersebut.

Disamping itu, Desa Pekraman Besang Kawan Toh Jiwa, masih memiliki suatu peninggalan/Dresta yang sangat melekat dengan masyarakat berupa Upacara Bhuta Yadnya, yaitu Pecaruan Agung yang dilaksanakan setiap Tilem menuju sasih Karo dan bertempat di Catus Pataning Desa Pekraman. Adapun yang menjadi korban dalam Upacara tersebut adalah seekor sapi yang kemudian diarak di sepanjang jalan di batas-batas Desa Pekraman Besang Kawan, dimana sapi yang dijadikan korban tersebut dilukai  disetiap perbatasan desa dan akhirnya kembali lagi ke perempatan untuk disembelih dijadikan bahan-bahan upacara. Upacara ini disebut Upacara/Pecaruan Nyaga-nyaga.

Selain memiliki dua Desa Pekraman Kelurahan Semarapura Kaja juga terdiri dari 4 (Empat) Banjar Adat yaitu :

1. Banjar Besang Kangin yang sekaligus menjadi Desa Pekraman Besang Kangin
2. Banjar Besang Kawan
3. Banjar Besang Tengah
4. Banjar Lebah

Dalam perkembangan Kelurahan Semarapua Kaja pernah dipimpin oleh Lurah sebagai berikut:

1. I Ketut Githa (Almarhum) 1990 – 1991
2. Dewa Made Sudarsana 1991 – 27 Juli 1991
3. Anak Agung Istri Alit 27 Juli 1991 – 17 September 1998
4. Ida Bagus Putu Adinata 17 September 1998 – 28 Oktober 2002
5. I Wayan Seger (Almarhum) 28 Oktober 2002 – 31 Juli 2005
6. I Wayan Budarsana 16 Agustus 2005 – 17 Mei 2017
7. I Wayan Astawa,SE 17 Mei 2017 – Sekarang.

Sebagai tindak lanjut dari otonomi daerah dimana pemerintah juga
mengeluarkan Undang-undang Nomor 23 tahun 2014 tentang pemerintahan. Dan Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 73 tahun 2005 tentang Kelurahan, maka Kelurahan Semarapura Kaja  mempunyai tugas menyelenggarakan Urusan Pemerintahan, Pembangunan dan Kemasyarakatan.untuk menjalankan semua urusan urusan kelurahan juga diatur dengan Peraturan Bupati Klungkung Nomor 35 Tahun 2016 tentang Kedudukan, susunan organisasi, tugas dan fungsi serta tata kerja perangkat Daerah Kabupaten Klungkun.

Dalam mendukung penyelenggaraan urusan pemerintahan, pembangunan dan Kemasyarakatan kelurahan Semarapura kaja membawahi tiga Lingkungan adapun yang menjabat sebagai kepala lingkungan di kelurahan semarapura kaja saat ini sebagai berikut:

1. Lingkungan Besang Kawan
2. Lingkungan Besang Tengah
3. Lingkungan Besang Kangin

Visi dan Misi Kelurahan Semarapura Kaja dalam Rangka meningkatkan kesejahteraan masyarakat. Dalam rangka mencapai tujuan maka Pemerintah Kelurahan Semarapura Kaja menetapkan Visi yang merupakan pandangan/tujuan kedepan yang ingin dicapai. Untuk mewujudkan Visi dimaksud Pemerintah menetapkan Misi yang merupakan rencana untuk mencapai tujuan yang telah ditetapkan.